Ett fyrårigt (2019-2022) internationellt forskningsprojekt inriktat på utveckling av metodik samt kvalitetssäkringsmetoder för inventering av vattenlevande djur i olika livsmiljöer såsom sjöar, rinnande vattendrag och hav med hjälp av eDNA (miljö-DNA) och metabarkodning.
Traditionella undersökningar i akvatiska miljöer är normalt beroende av betydande insatser i form av tid och utrustning samt duktiga taxonomer som kan identifiera insamlat material. Under det senaste decenniet har en ny undersökningsmetod utvecklats: akvatiskt eDNA, eller akvatiskt miljö-DNA. Undersökningsmetoden baserar sig på att alla levande organismer, både växter och djur, kontinuerligt avger genetiska fotavtryck i miljön. Akvatiskt eDNA är genetiska spår som organismer avger till vattenmiljön. Detta genetiska material kan utvinnas ur ett vattenprov och genom molekylära analyser ange vilka arter som befinner sig i ett givet område utan att man varken ser eller fångar organismen. Metodutvecklingen har accelererat kraftigt under de senaste åren och det finns ett stort behov av att bestämma en optimal provtagningsmetodik för olika arter och habitat. Projektet kommer att ge tydliga rekommendationer och vägledning för akvatisk eDNA-provtagning (var, när, hur) för att på ett representativt sätt detektera grupper av akvatiska arter såsom fiskar, musslor eller groddjur på ett kvalitetssäkrat sätt.
Mer specifikt så kommer projektet genom flera olika fallstudier att:
- Jämföra rumsliga och temporala skillnader i provtagningsdesign för att bestämma möjliga provtagningssäsonger samt hur många stickprov som behövs för att på ett representativt sätt inventera akvatiska samhällen i olika miljöer.
- Fastställa ett robust protokoll för fältprovtagning så att kontaminering och nedbrytning av eDNA förhindras.
- Jämföra kostnader och effektivitet för olika provtagningsutrustningar och filtreringsmetoder.
- Bestämma integriteten av eDNA i konserverade prover över tid med olika konserveringsmetoder.
- Jämföra resultaten av metabarkodning baserat på olika DNA-extraktionsmetoder.
- Utföra en kostnad-nyttojämförelse med traditionella inventeringsmetodiker som används idag inom miljöövervakningen.
Forskningsprojektet Life-DNAquatic har sitt ursprung i det europeiska forskningsnätverket DNAqua-Net och är ett samarbete mellan AquaBiota Water Research (SE), MIX Research Sweden (SE), Hull University (UK), INBO (BE), MoRe Research (SE), Nature Metrics (UK), och Sveriges Lantbruksuniversitet. Projektet finansieras av Naturvårdsverkets miljöforskningsanslag i samarbete med Havs- och vattenmyndigheten inom satsningen ”Forskning om DNA-metoder inom miljöövervakning”och pågår mellan 2019-2021.
Rapporter:
Hellström, M., Andersson-Li, M., Brys, R., Halfmarten, D., Hänfling, B., Näslund, J., Sjöstedt, J., Spens, J., Tang, C., Öhman, M.C. & Bruce, K. 2021. Riktlinjer för hantering av akvatiskt eDNA som verktyg inom svensk miljöanalys – Del I: Insamling i fält, filtrering och konservering. AquaBiota Report 2021:09
Hellström, M., Andersson-Li, M., Brys, R., Halfmarten, D., Hänfling, B., Näslund, J., Sjöstedt, J., Spens, J., Tang, C., Öhman, M.C. & Bruce K. 2021. Riktlinjer för hantering av akvatiskt eDNA som verktyg inom svensk miljöanalys – Del II: Laboratoriekrav och eDNA-extraktioner. AquaBiota Report 2021:10
