Hydroakustik är väl etablerat som metod för uppskattning av pelagiska fiskbestånd. Denna teknik gör det möjligt att undersöka stora havsytor och samla in stora mängder georefererade inventeringsdata, som kan analyseras direkt eller användas för rumslig modellering. En snabbteknisk utveckling har på senare tid gjort det möjligt att med hjälp av hydroakustik (ofta i kombination med andra metoder) studera andra komponenter i marina ekosystem än fisk. Till exempel har AquaBiota med hjälp av multifrekventa akustiska metoder kunnat påvisa möjligheten att kvantitativt uppskatta och rumsligt modellera andra pelagiska organismer, såsom mesodjurplankton (t.ex. hoppkräftor), makrodjurplankton (t.ex. pungräkor) och maneter. Läs mer om detta i följande rapporter; MMSS Stockholm, MMSS Södermanland.
Med hjälp av ett stationärt monterat ekolod är det möjligt att undersöka komplexa frågor om fiskars (och andra organismers) beteende; till exempel fiskvandring och beteende i närhet till potentiellt störande faktorer såsom vindkraftverk, dammar, sjöfart m.m.
Passiv akustisk utrustning kan användas för att detektera valars ekolokaliseringssignaler. Detta är en mycket kostnadseffektiv inventeringsmetod och kan t.o.m. användas för att beräkna en populations storlek. Läs mer om projektet SAMBAH som syftar till att beräkna antalet tumlare i Östersjön med hjälp av data från akustiska tumlardetektorer.