AquaBiota bedriver aktiv forskning inom marina och limniska frågeställningar, ofta i ett geografiskt perspektiv. Vi använder en stor mångfald av både etablerade och nyutvecklade metoder för bl.a. statistiska analyser och modellering. Generellt använder vi vår forskningskompetens i utförandet av alla uppdrag; forsknings- såväl som tillämpade uppdrag. Vi har vid upprepade tillfällen deltagit som rådgivare eller experter i olika internationella sammanhang (EC Natura 2000, HELCOM, ASCOBANS, ICES), och även i miljödomstolen. Alla AquaBiotas medarbetare har en högskoleexamen och en stor andel har doktorsexamen.
De flesta av AquaBiotas projekt innehåller forskning i någon grad. Vi har ett internt system för att stödja forskningen ekonomiskt, vilket innebär att vi kan delta i flertalet forskningsfinansieringsprogram på samma premisser som universiteten. Vår forskning utförs dels med finansiering från dedikerade forskningsfinansiärer (Formas, EU FP7, EU Bonus, Naturvårdsverkets forskningsfinansiering, Norska forskningsrådet etc.), men även projekt finansierade inom andra program kan ha stora forskningsinslag.
AquaBiota samarbetar gärna med andra svenska eller internationella universitet eller forskningsinstitut. Våra forskningsresultat presenteras löpande vid konferenser och workshops, samt som vetenskapliga artiklar och rapporter.